O tópico de reprodução destes animais é sem dúvida o mais fascinante, na nossa opinião. As dáfnias reproduzem-se de duas formas distintas, uma sexuada e outra assexuada. Ao processo de reprodução assexuada, isto é sem a intervenção de gâmetas (células sexuais) machos chamamos partenogénese. Esta ocorre normalmente no verão quando as condições são ideais. Depois de uma mudança de carapaça aparecem entre 2 e 20 ovos na bolsa que as fêmeas têm no abdómen e na próxima mudança de carapaça estes ovos já desenvolvidos para pequenos clones da mãe são largados. Estes novos animais nascem já muito desenvolvidos e poucos dias depois já serão capazes de ter uma ninhada própria. A partenogénese aumenta exponencialmente o tamanho da colónia, durante este período há poucos machos. Em épocas frias com pouco alimento a reprodução sexuada produz ovos que são largados no fundo onde podem sobreviver em desenvolvimento suspenso durante até 20 anos em gelo e seca até as condições estarem mais favoráveis. Normalmente é na próxima primavera que estes ovos eclodem.